Na de tweede wereldoorlog
Nijmegen is een van de steden die beweren de oudste stad van Nederland te zijn en vierde in 2005 haar 2000-jarig bestaan. Tijdens het Romeinse Rijk was Nijmegen onderdeel van de Limes, de grens tussen het Romeinse Rijk en de verschillende zogenaamde Germaanse gebieden. In Nijmegen was van 71 tot 104 het 10e legioen van de Romeinen gelegerd. Er is tijdens het Romeinse bewind een groot fort (castrum) gebouwd op een heuvel aan de Waal, een paar onderdelen zijn daar nog van over. Er worden ook nog regelmatig opgravingen gedaan waarbij Romeinse spullen worden gevonden.
De stad werd gevormd als handelsnederzetting naast het Romeinse castrum. Dit bood een voordeel omdat de markt daardoor door de legionairs beschermd kon worden en bovendien omdat de legionairs ook vele goederen nodig hadden, waar ze bovendien een goede prijs voor konden betalen, omdat ze een redelijk salaris ontvingen. De naam Nijmegen is dan ook afgeleid van de latijnse aanduiding "Novio-magus", wat 'nieuwe markt' betekent. De Romeinen verlieten echter in de 3de eeuw het fort.
Na de tweede wereldoorlog
Door verwaarlozing en armoede was de Benedenstad (het deel van het centrum dat in het lage deel, aan de Waal, is gelegen -- wat de Nijmegenaren de Benedenstad noemen) na de Tweede Wereldoorlog in verval geraakt. Hoewel de Benedenstad min of meer gespaard bleef voor de oorlogshandelingen, was de toestand van dit stadsdeel door de vele reeds gesloopte panden en slechte woonomstandigheden (verkrotte, onbewoonbaar verklaarde panden, huizen zonder sanitair e.d.) zodanig, dat na jarenlange discussies en plannenmakerij in 1972 besloten werd tot grootschalige sloop en herbouw. In 1975 is de Benedenstad uitgeroepen tot "beschermd stadsgezicht", maar toen waren de meeste middeleeuwse panden al gesloopt. Slechts (delen van) enkele straten zijn nog oorspronkelijk gebleven en gerestaureerd.
Nijmegen staat sinds de jaren zestig en zeventig van de twintigste eeuw bekend als rode stad. Er waren in die jaren veel marxisten te vinden die door de relatief grote populatie aan studenten erg opvielen. Bijnaam van Nijmegen is dan ook 'Havana aan de Waal'. Een gewelddadige confrontatie tussen de linkse krakers en het Nijmeegse bestuur vond plaats in februari 1981, de Pierson-rellen. Frits Bolkestein sprak in de jaren 1990 nog van 'Marxograd aan de Waal'. Thans is het 'rode aspect' in sterk afgezwakte vorm herkenbaar aan een links stadsbestuur. Het zeskoppige college van B&W bestaat sinds 2002 uit GroenLinks, PvdA en SP.
Sinds de Tweede Wereldoorlog heeft de stad zich flink uitgebreid, maar dat gebeurde eenzijdig in westelijke en vooral zuidwestelijke richting. De dorpen Hatert, Hees en Neerbosch werden opgeslokt door stadswijken met dezelfde naam. De belangrijkste uitbreiding was de bouw van de stadsdelen Dukenburg en Lindenholt vanaf 1966, ten westen van het Maas-Waalkanaal. De structuur van de stad werd zo zeer onevenwichtig: het centrum ligt geheel in het noorden, maar de stadsuitbreiding vond kilometers daarvandaan in zuidwestelijke richting plaats. Tot voor kort was de Waal een onneembare barrière die de noordgrens van de bebouwing bepaalde. Sinds eind jaren '90 echter wordt er gebouwd aan de VINEX-locatie Waalsprong, ten noorden van de Waal.
Eind 2003 kwamen de gemeente en de politie van Nijmegen in opspraak vanwege de honderden centrumverboden die werden verordonneerd voor mensen die zich schuldig maken aan de in de Algemene Plaatselijke Verordening opgenomen vergrijpen. Een centrumverbod is een voorbeeld van een gebiedsverbod, een (tijdelijk) verbod om in een bepaald gebied te verblijven.
In 2004 haalde de gemeente de landelijke media na een besluit van de gemeenteraad om SUV's (grote terreinwagens) niet meer in het centrum te laten parkeren. Als argumenten werden vooral de milieuvervuiling en de onveiligheid van deze auto's naar voren gebracht. Het besluit leidde tot een kortstondige landelijke discussie over dit onderwerp. Het College van B&W besloot het besluit van de gemeenteraad naast zich neer te leggen, omdat Nederlandse en Europese regels uitvoering van het voorstel in de weg staan.
In november 2005 werd in het centrum van de stad de plaatselijk bekende activist Louis Sévèke met een vuurwapen om het leven gebracht. Hij was voornamelijk bekend geworden door zijn strijd tegen de voormalige Binnenlandse Veiligheidsdienst, tegenwoordig de AIVD.
Voor de periode 2010-2020 staat de bouw van het Waalfront gepland. Deze nieuwe buurt zal komen te liggen op de locatie van het huidige oude havengebied in de Biezen, langs de Waal.
Tevens staat voor 2009-2011 de bouw van een nieuwe oeververbinding, de Stadsbrug gepland.